失落的初始星际战士军团的两位基因原体，是在31k荷鲁斯叛乱爆发前，不知道什么原因，在所有已知的帝国记录和档案中被刻意抹去，与他们的军团一起被完全删除。他们被称为"被遗忘的人和被清除的人"，只知道失踪的基因原体和他们的军团被"从帝国记录中删除"。这种正式的谴责和从官方记录中删除的行为被称为"抹除敕令"，这也许是最严厉的惩罚之一。第二军团和第十一军团的所有记录被完全抹除。
冉丹异形征服战最近，一份罕见的记录意外揭露了失落的第二和十一军团的上古空间在大远征中参与了冉丹异形征服战，虽然他们参与的强度和性质至今没有记录。
补充资料
雷霆之塔在短篇小说《雷霆之塔》中，当帝国之拳军团的基因原体多恩在帝国皇宫内看到了一连串的雕塑，他注意到，这些雕像上都是星际战士军团的基因原体
此前，有不太含糊的消息称，关于失落军团和原始人的信息在《荷鲁斯叛乱》之后被删除。而GW在这个问题上公布的唯一直接涉及到这个谜团的信息，可以在DanAbnett的《荷鲁斯之乱》系列小说《伪神》和《雷霆之塔》中找到。有人推测说，那就是第二军团的基因原体可能是血鸦的基因原体。然而，这个猜想却给了血鸦过份的重视，因为在《战争黎明》PC游戏之外，血鸦在人类帝国的历史上根本就不是一个重要的战团。这个理论也不能说明为什么血鸦军团会在41K末的时候还存在--显然他们的先辈们曾经犯下了一些可怕的背叛行为，让他们的记录被彻底抹杀，以至于即使是当时在场的其他军团，想必任何关于失落军团和他们的基因原体的记录被毁掉或修改。
千子在小说《千子》中，在乌拉诺尔的凯旋期间，马格努斯向他的哥哥莫塔里安提到了失踪的基因原体。
叛乱之首GW在《荷鲁斯叛乱》系列中名为《叛乱之首》的小说中对这个问题做了更多的说明。已经确定，这些"失踪"的基因原体们至少在伊斯万塔V号上发生登陆点大屠杀事件之前的43个年前，从帝国的记录中被抹去了，因为在Khur世界上的发生的事件中，只有18个既定的军团出场。在那里，整个怀言者军团和他们的基因原体洛加因为他们在大远征期间无视帝国真理将帝皇神圣化，被人类帝皇正式斥责。
阿斯塔特军团中也有一个长期以来的传言，这或许可以解释第二军团和第十一军团的最终命运。据说，在这两个军团被从帝国的所有记录中删除的时候，极限战士军团中的阿斯塔特人数激增，直至超过了其他所有军团。不知道这仅仅是猜测，还是说第二和十一军团被正式从帝国记录中剔除后，军团战士被收编到其他军团。虽然很有意思，但这仍然无法解释第二军团和第十一军团的基因原体们到底发生了什么事情。
基因原体们在尼克-凯姆的短篇小说集《基因原体们》中，当铁手的基因原体马努斯与他的军团走散，迷失在地下隧道中时，他偶然发现了二十个基因原体的雕像（虽然他们的脸被面具遮住了）。马努斯认出了他们中除了两个人之外，其他的人都认得出来。有趣的是，覆盖在那两个人头上的面具被劈开，几乎被毁掉了。
FeartoTread在荷鲁斯之乱系列小说《FeartoTread》中，荷鲁斯目睹了血天使的基因原体圣吉列斯杀了自己的一个军团成员，他的军团被他的军团的基因诅咒所影响，这种诅咒后来被称为"红渴"。圣吉列斯向他的兄弟承认，他已经知道自己基因中的缺陷，他瞒着帝皇和兄弟们好几年了。但到目前为止，他所做的一切努力都没有找到治愈的方法。荷鲁斯询问圣吉列斯，为什么他不要求他们的父亲（帝皇）治愈它？圣吉列斯愤怒地反驳荷鲁斯的问题，暗示着失落军团中可能有一个人也有类似的病症，因此，他被净化了--这是他最想避免的命运。
天使后裔在小说《天使后裔》（DescentofAngels）中，当ZaharielEl'Zurias收到兄弟LibrarianIsrafael提供的历史时，他告诉年轻的士兵，他们的基因原体庄森有十九个兄弟。由于这部小说发生在840.M30，这可能表明此时失落的基因原体们还没有从帝国官方的记录中删除。
军团关于这两个军团的命运问题，我们在小说《军团》和《普罗斯佩罗之焚》中得到了进一步的启示。在《军团》中提到，之前有一个军团惹上了麻烦。
普罗斯佩罗之焚在小说《普罗斯佩罗之焚》中，太空野狼基因原体黎曼鲁斯讨论了马格努斯的千子将不可避免被消灭，因为他的巫术毁灭了泰拉上帝皇的网道屏障。这暴露了马格努斯违反了帝皇禁止使用灵能的诏书，暴露了马格努斯的背叛行为。当被问到他是否担心史无前例的事情即将发生，即阿斯塔特与阿斯塔特的战斗时，鲁斯说，这不是史无前例的事件，暗示他的太空野狼以前曾被要求执行过一次这个任务。这可能暗示了第二军团和第十一军团是被自己人消灭的，也可能是指小说《背叛者》中提到的"狼夜"事件。这是一个鲜为人知的事件，发生在吞世者军团屠杀了整个吉恩纳星球的居民后不久。基因原体黎曼鲁斯受帝皇的委托，带着他的太空狼军团前往吉恩纳，将吞世者军团一网打尽。
在小说《普罗斯佩罗之焚》中，主人公卡斯帕也说过。
这句话的意思是，在普罗斯佩罗的焚烧之前，失踪的两个军团就已经消失了。
被遗忘的亡灵在小说《被遗忘的亡灵》中，主人公埃文德-格雷戈拉斯他说，因为马格努斯违反了帝皇的绝对命令，所以帝皇将不得不惩罚他的儿子和千子军团。
这句话进一步印证了太空也狼军团作为帝皇选定的刽子手的角色--在对同胞太空军团进行训斥时，执行帝皇的意志。
丧失解脱在小说《丧失解脱》中，我们得到了进一步的启示，暗鸦守卫的基因原体科拉克斯回忆起他与父亲帝皇的第一次见面。
这个启示表明，在科拉克斯与帝皇团聚的时候，失踪的第二军团和第十一军团已经失去了踪迹，很可能已经从所有的帝国记录中被抹去。这段对话也暗示失落的军团很可能是在30k末的大远征初期就已经消失了。。
伏尔甘永生在NickKyme的小说《伏尔甘永生》中，在大远征期间，火蜥蜴基因原体伏尔甘和他的部下的一次谈话中，基因原体向他坦白说，他看到了可怕的暗夜领主军团的基因原体康拉德-库兹心中的黑暗。
沃尔坎的回答暗示了第二军团和第十一军团被制裁清除的原因。
遗忘帝国在DanAbnett的小说《遗忘帝国》中，当庄森来到极限战士的首都奥特玛时，他的哥哥基里曼把他拉到一边，和他谈起了建立第二帝国的计划。在奥特马的堡垒内有一个房间，里面有21张椅子，每张椅子的尺寸都是按照基因原体和帝皇本人的尺寸建造的。每张椅子的椅背上都挂着横幅，上面显示着各军团的印记。他们在一张长桌前一字排开，狮子注意到，其中两张椅子上有两张椅子上挂着空白的旗帜，这些旗帜是用普通的、漂白的、未经染色的布做的。原始基因对吉利曼说，他们的两个兄弟将永远无法来到这间密室，吉利曼回答说："这是一种耻辱，然而，他们的缺席必须要做个记号。必须给他们留位置。这只是尊重。"
伤痕在小说《伤痕》中，白痕的基因原体可汗在思索着他失踪的两位基因原体兄弟的事情，这也证实了他们的失踪。
荷鲁斯叛乱第一册：背叛荷鲁斯叛乱第一册：背叛中，封面内页是一张古老的银河系地图，描绘了正在兴起的人类帝国。它列举了所有主要的世界，这些世界都被卷入了这场被称为"荷鲁斯叛乱"的全面冲突。每一个已知的军团家园（包括叛国者和忠诚者）都显示出各自的位置。然而，有一个地点被列为失落之子"。这可能说的是最后找到的原体阿尔法瑞斯，也有可能是隐隐约约提到了其中一位失落的基因原体被发现的地点。
这本书里还有一个表格，标明："荷鲁斯叛乱时期现存的军团"，其中列出了军团的编号、名称和基因原体。其中对第二军团和第十一军团的名单进行了删节。有意思的是，第二军团名称的涂黑长度相当长，它的长度勉强比"帝皇之子"短，而十一军团的涂黑则与"千子"差不多。第二军团的原体的名字相当短，与"阿尔法瑞斯"差不多长，暗示着他的名字只有一个音节。而第十一军团基因原体的名字与"红人马格努斯"的长度差不多，暗示着有名有姓，或者是某种称号或称谓。
荷鲁斯叛乱-第二册：大屠杀在《荷鲁斯叛乱-第二册：大屠杀》中，有一个按时间顺序排列的时间轴，标题为："大远征的最后几年的编年史"，第19页，其中列出了日期、事件和参加的军团。在条目下的日期，965.M30和969.M30，列出的事件说，全部数据被删减，这两个事件都是太空野狼军团参加的。有可能，这两个事件可能是太空狼军团被派去消灭第二军团和第十一军团的时候，因为大家都知道他们是代表帝皇的"刽子手"，就像他们被派去消灭吞世者一样，是代表帝皇的"刽子手"。
荷鲁斯叛乱--第三册灭亡地狱在《荷鲁斯叛乱--第七册：地狱》中，在太空野狼的战团史"最黑暗的战争"第81页中，提到了发生在860年的冉丹战争。当大军攻入银河系东部边缘地带时，他们引起了冉丹的注意，这是一个拥有可怕力量和技术力量的物种，至少在一段时间内，帝国似乎已经遇到了厄运。书中接着说，帝国军队的损失，仅亚于荷鲁斯叛乱的黑暗时代。整个远征舰队死于非命，没有一个幸存者，几十个泰坦军团被消灭，最后，整个军团都被帝国所灭。这些信息，或许可以推断出，可能是在这场残酷的冲突中，失落的军团之一被消灭了，尽管关于这场致命战役的大部分叙述都被帝国官方记录中刻意删减和删减了。
黑暗帝国在小说《黑暗帝国》中，复活后的基里曼在和一个牧师对话时，他顺便提到了失落的原体。
虽然这句话并不能说明这两位失落的基因原体的具体命运，但这句话却在很大程度上暗示着，他们因为失败而被从帝国官方的所有记录中删除，原因除了背叛帝皇之外，还有其他的原因。
在后面的一章中，当吉利曼与一个被称为劣化考尔的人工智能进行对话时，了解到考尔一直在升级原铸星际战士的改造手术，实验还涉及到九个叛徒军团的基因种子以及两个失落军团的基因种子。这证实了尽管他们从历史上被抹去了，但这两个失落军团的基因库仍然存在，甚至在42K仍存在。当考尔要求获得使用这些有问题的基因库来建立新的原铸战士时，基里曼断然拒绝了，并命令机械大贤者停止研究使用这些危险的基因库。考尔对着被激怒的基因原体回答道。
这句话推断出，失落的第二军团和第十一军团因为原体们的行为从帝国的记录中消失，而不是他们的阿斯塔特的责任。然而，考尔也可能是指九位叛军团的基因原体，而不是失落的基因原体。
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